توس پس از حاکمیت مغول ها، مدتی (در نیمه اول قرن هشتم) در دست سربداران قرار گرفت؛ در این مدت توس چند بار میان سربداران و آل کرت که در هرات و پیرامون آن حکومت داشتند و نیز «جان قربانی ها» دست به دست می شد تا این که نوبت به تیمور رسید. تیمور که از نوادگان چنگیز بود، خود توس و کلات را با سپاهش فتح کرد. در سال ۷۹۱ وقتی خبر محاصره امیر تیمور قوت گرفت حاجی بیک جان قربانی، حاکم توس، به کمک سربداران قیام کرد. هنگامی که تیمور از شورش توس آگاه شد، پسرش میران شاه را با سپاه به خراسان فرستاد. میران شاه پس از در هم شکستن سربداران که برای کمک به جان قربانی عازم توس بودند، سبزوار را تصرف و سلسله سربداران را منقرض کرد؛ بعد هم به هرات رفت و سلسله آل کرت را از میان برداشت.«چون محاصره توس به طول انجامید و امیر آق بوقا از فتح آن شهر عاجز ماند، با اعزام ایلچی از میران شاه کمک خواست و میران شاه که در این زمان از فتح هرات آسوده شده بود با سپاهی فراوان به طرف توس روانه شد. با رسیدن سپاه میران شاه، حاکم توس و مردم شهر از مقاومت ناامید شدند و چون حاکم توس سقوط شهر را حتمی دید شبانه گریخت و شهر و نزدیکان خود را به دست دشمن رها کرد. استحکامات توس به راحتی در مقابل تهاجم سپاهیان میران شاه در هم شکست و شهر به تصرف لشکریان میران شاه و آق بوقا درآمد. سپاهیان میران شاه به خاطر حمایت و جانب داری از اهالی توس از حاجی بیک به قتل و غارت پرداختند و شهر توس را ویران کردند و بیش از ده هزار تن از اهالی آن جا را به قتل رساندند.